Il y a soixante millions d'années un monstre de l'espace entre dans notre système solaire et s'attaque à la planète Mars détruisant toute vie . Il se rend ensuite sur Terre et entreprend de lui faire subir le même sort . Arrivé sur Terre il rencontre une résistance de la part de la civilisation Elias et de leurs dieux , les Mothras . Après une longue bataille Desghidorah est vaincu et scellé dans un lieu secret .
En 1997 une société qui abat des arbres découvre une ancienne ruine  . Le chef de chantier examine la ruine et découvre un objet encastré dans la roche : le sceau des Elias . Il l'enlève et l'offre à sa fille qui se fait voler le pendentif par Belvera . Moll et Lora arrivent sur place pour tenter de récupérer le pendentif mais sans succès . Sur les lieux des travaux , un immense bloc de roche sort de la terre et le chef de travaux hypnotisé par Belvera envoie un véhicule plein d'explosifs contre le bloc de roche . Desghidorah sort de sa tombe et commence à absorber l'énergie de la forêt afin de recouvrer ses forces . Les Elias invoquent leur gardien Mothra pour qu'il vienne combattre le monstre . Mothra arrive sur place et engage le combat contre Desghidorah mais elle est vieille et affaiblie après avoir donné naissance et le monstre la bat facilement . Sentant que sa mère est en danger l'oeuf de Mothra éclot et la larve qui en sort se dirige vers le lieu du combat .  La larve arrive et fait face à Desghidorah utilisant sa toile contre le monstre . Celui-ci saisi le jeune insecte dans ses mâchoires et le jette au sol le blessant sévèrement . Mothra intervient et détruit un barrage . Desghidorah est emporté par les flots tandis que Mothra saisi sa progéniture entre ses pattes et l'emmène en lieu sur . Mothra trop faible tombe dans l'océan et meurt , la larve se dirige alors sur une île et tisse son cocon dans des arbres millénaires . Desghidorah continue d'absorber l'énergie vitale de la planète et se transforme , maintenant capable de voler il entreprend sa campagne de destruction . La chrysalide de Mothra éclot et apparaît un Mothra adulte très puissant qui se lance à la poursuite de Desghidorah . Le combat s'engage et Mothra Leo utilise sa vitesse pour prendre l'avantage sur le monstre de l'espace , le bombardant avec ses rayons . Desghidorah se retrouve au sol et Mothra Leo le bombarde à l'aide de ses rayons le mettant KO . Mothra Leo et les Elias utilisent alors le sceau des Elias pour enfermer Desghidorah dans les profondeurs de la Terre .