Alors que le premier gardien Baragon a été tué par Godzilla , un monstre créé par l'amalgame des esprits de ceux qui sont morts pendant la seconde guerre mondiale et que Mothra le second gardien lui livre bataille , Ghidorah le troisième gardien se libère de sa prison de cristal et se dirige vers Yokohama où le combat fait rage .
Ghidorah attaque Godzilla ses trois têtes mordant différentes parties du corps de Godzilla tout en lui envoyant des chocs électriques , Godzilla réplique en mordant sauvagement le cou du milieu d'où commence à s'écouler du sang .Tandis que Ghidorah continue d'envoyer des chocs électriques à Godzilla celui-ci se libère de l'étreinte et projette son adversaire contre un building avant de lui lancer un rayon thermique le rendant inconscient . Alors que Godzilla s'apprête à lancer un dernier rayon fatal sur Ghidorah , Mothra s'interpose et se sacrifie pour le protéger . L'énergie vitale de Mothra se condense et inonde le corps de Ghidorah , celui-ci reprend ses esprits et se transforme alors en King Ghidorah .