Après avoir vaincu  King Ghidorah qui a sombré dans la mer , Godzilla entreprend la destruction de Tokyo . Emmy la futurienne rebelle retourne au 23 ème siècle afin de récupérer le corps de King Ghidorah et d'en faire un cyborg qu'elle enverra dans le présent pour vaincre Godzilla . Alors que Godzilla poursuit la destruction de Tokyo un bruit se fait entendre dans les airs et Mecha King Ghidorah apparaît avec Emmy aux commandes . Le Cyborg utilise ses rayons à gravité et ses lasers pour attaquer Godzilla qui tombe au sol . Celui-ci se relève et contre-attaque avec son rayon thermique endommageant les ailes du robot . Emmy active alors l'arme spéciale de Mecha King Ghidorah : un système de câbles et de pinces qui immobilise Godzilla . Mecha King Ghidorah s'élève dans les airs emportant Godzilla avec lui . Godzilla se débat et utilise son rayon thermique sur la machine qui tombe dans la mer en entraînant le monstre piégé . Emmy parvient à s'échapper grâce à une capsule de secours .