Quelque part dans les eaux glacées de l'Alaska un bateau récupère les noyaux de réacteurs nucléaires abandonnés là par les soviets durant la guerre froide. Quelque chose tourne mal et une énorme explosion détruit le bateau. Sur la côte la neige prend feu et la terre se met à suinter un liquide ressemblant à du sang.

Le scientifique Keith Llewellyn travaillant pour le gouvernement américain est joint à l'enquête militaire concernant l'incident, il laisse derrière lui sa femme Jill et sa fille Tina. L'enquête en Alaska est classée secret défense par l'armée . Des soldats transportent des barils entiers de la substance ressemblant à du sang qui s'avère avoir beaucoup de points communs avec le liquide amniotique. Keith se joint à l'équipe qui explore la caverne que les militaires ont découverte au fond de la crevasse. Il découvre que la caverne est loin d'être vide et qu'une créature gigantesque y est emprisonnée, sa tête et ses griffes incrustées dans la terre. Keith escalade la tête de la créature notant au passage sa ressemblance ave un dinosaure et tandis qu'il se tient sur le museau du monstre il voit horrifié qu'un oeil vient de s'ouvrir. La créature sort de sa prison tuant l'équipe dans la caverne puis détruit la base. Le règne de destruction continue quand le monstre se montre au village de Kuril dans l'île japonaise de Taki et le raye de la carte. Un des villageois survivants nomme le monstre "Godzilla" d'après le nom d'un dragon légendaire.

12 ans plus tard le cryptozoologiste Aaron Vaught écrivain réputé et son assistant Marty Kenoshita s'introduisent dans un hôpital psychiatrique au Japon. Ils interviewent le pêcheur qui leur montre des dessins qu'il a fait de Godzilla en train de combattre un autre monstre. La police militaire arrive sur les lieux avant que l'interview ne soit terminée et emprisonne Vaught et Kenoshita. Pendant ce temps un météore s'écrase dans le lac Apopka dans le Kentucky. Un village se retrouve noyé sous une pluie de grenouilles et de poissons arrachés au lac par la violence de l'impact.

Au Massachusetts l'armée américaine met en place le plan "Saint Georges " afin de retrouver Godzilla . Jill Llewelyn est la directrice du projet. On apprend que Godzilla a été aperçu il y a six ans alors qu'il détruisait un pétrolier. Dans l'espoir d'obtenir plus de subventions du Congrès, Aaron Vaught est nommé co-directeur espérant qu'il fasse autorité en tant que spécialiste en monstres. Cette décision n'enchante pas Jill Llewellyn , de plus sa fille vient d'être arrêtée par la police militaire pour avoir tenté de voler une voiture. Pendant ce temps en Alaska une nouvelle base a été construite et deux soldats sont surpris de voir une lumière émaner d'une pièce secrète communiquant avec la prison de Godzilla .

Au lac Apopka, l'étrange météore bio métallique se met à bouger. Il remonte les sédiments tel une masse de métal liquide et s'introduit dans une caverne. La créature déploie ses tentacules dans les nids des chauves-souris vivant dans la grotte et les absorbe. La sonde alien régurgite les chauves-souris maintenant transformées en monstres d'une envergure de quatre mètres. Les "probe bat " quittent la caverne et leur parent puis s'envolent dans la nuit.

Vaught, Llewellyn et Kenoshita se rendent en Alaska où le liquide amniotique a recommencé à couler. Vaught en conclue que c'était le moment où Godzilla devait se réveiller, mais l'accident du bateau a accéléré les choses et il a été libéré plus tôt que prévu. Les côtés de la caverne sont parcourus d'une étrange structure bio organique, vestiges d'une ancienne civilisation possédant une technologie avancée. Personne ne voit une petite créature piquer Marty Kenoshita et s'introduire dans son cou, lui-même ne sent pas l'attaque de la créature.
Les évènements s'enchaînent. Au Kentucky on reporte des mutilations de bétail tandis que dans le Pacifique Godzilla est aperçu nageant en direction de San Francisco.

Un poste de commande pour le projet "Saint Georges " est établi au Presidio . Llewellyn et Vaught arrivent très vite, mais Kenoshita tombe malade et doit être conduit à l'hôpital. La marine déploie deux croiseurs équipés de missiles, un cuirassé et un sous-marin pour intercepter Godzilla . Godzilla réplique et coupe un des croiseurs en deux en refaisant surface en dessous la machine puis détruits les autres engins avec un rayon thermique qui fait fondre l'acier. Les militaires ont l'intention d'utiliser une petite charge nucléaire contre Godzilla mais Vaught les en dissuade supposant que Godzilla est lui même un réacteur nucléaire ambulant. Ce que le monstre émet n'est pas du feu, mais quelque chose qui ionise l'oxygène tellement la chaleur est intense. Llewellyn suppose que le liquide amniotique n'était pas de la nourriture, mais un tranquillisant pour garder Godzilla endormi. Le fluide est transporté depuis l'Alaska et est répandu dans la baie de San Francisco. Godzilla nage en direction du liquide puis émerge se tenant difficilement sur ses pattes et s'écroule à l'extrémité sud du Golden Gate Bridge . Les militaires sécurisent la zone puis transportent Godzilla à l'aide de six superhélicoptères jusqu'au Massachusetts. Godzilla est enfermé dans un gigantesque hangar et Tina réalise que sa mère n'a fait que chasser Godzilla pendant 12 ans afin de le tuer. Elle proteste en clamant que le monstre n'est qu'une force de la nature et n'est pas responsable pour les dégâts qu'il cause. Ne voulant plus entendre les protestations de sa fille Jill envoie Tina à New York chez une tante.

A l'hôpital militaire, l'étrange infection dont Marty est victime empire, consumant ses organes internes et transformant son visage en surface lisse sans yeux. Avant que la mort ne le frappe, Kenoshita explique à Llewellyn qu'il est sous le contrôle d'une ancienne force. Cette force lui a raconté son histoire et la menace qui est venue sur Terre. Une race extraterrestre envoie des sondes dans l'espace afin de coloniser des planètes. Ces sondes absorbent le matériel génétique des formes de vie de la planète cible et les combinent pour donner naissance à un monstre apocalyptique.. Le temps que les extraterrestres arrivent, la sonde aura anéanti toute vie sur la planète ciblée. Une ancienne civilisation de la Terre s'est protégée des sondes en créant Godzilla à partir d'ADN de dinosaures. Godzilla se réveille à chaque fois qu'une sonde arrive et la détruit avant qu'elle ne puisse accomplir sa mission. Au Kentucky les "Probe Bats " continuent d'absorber des animaux et de ramener leur matériel génétique dans la grotte pour le transmettre à la sonde qui commence à se transformer. Vaught suivant l'histoire de Kenoshita comprend que Godzilla se dirigeait en fait vers le Kentucky où le météore s'est écrasé. Un marchant local Nelson Fleer conduit Vaught au lac Apopka . Les deux hommes enfilent des combinaisons de plongée et explorent le fond du lac avant de pénétrer dans la grotte en empruntant plusieurs tunnels. Vaught est horrifié de découvrir une patte gigantesque appartenant à la créature formée par la sonde. Le monstre possède des ailes de chauve-souris, le corps d'un puma et une langue composée de trois serpents. La sonde est devenue le Gryphon qui apparaissait sur les dessins du pêcheur. Le son d'une bouteille d'air cognant la roche réveille accidentellement le Gryphon et les deux hommes s'enfuient à toute vitesse tandis qu'un hurlement les poursuit jusque dans l'eau. Alors qu'ils atteignent la surface, ils pensent être sauvés, mais soudain l'eau s'agite et le Gryphon émerge avant de s'élever dans les airs. Le Gryphon s'envole et atterrit à Claksburg en Virginie où il détruit un train et un réservoir d'essence avec des éclairs faisant des centaines de morts.

Malgré la forte dose de liquide amniotique qu'on lui a administré Godzilla s'éveille et détruit le hangar avant de plonger dans l'Atlantique. Il est certain qu'il a senti le réveil du Gryphon et que les deux monstres vont se rencontrer et provoquer la pire catastrophe imaginable. L'évacuation de New York commence et Jill Llewellyn essaie de retrouver sa fille Tina . Elle se retrouve coincée dans un tunnel du Queens alors que Godzilla marche dessus, mais parvient à s'échapper en nageant. Jill retrouve sa fille juste au moment où le Gryphon arrive en ville et que le combat des monstres s'engage.

Le Gryphon attaque Godzilla depuis le ciel l'obligeant à retourner sur la côte. Utilisant un immeuble en construction comme appui Godzilla parvient a attraper une des jambes du Gryphon et à le tirer vers le sol. La blessure du Gryphon guérit instantanément et il attaque Godzilla avec ses rayons énergétiques. Godzilla tombe au milieu de plusieurs immeubles et le Gryphon lacère sa chair avec ses serres . La bataille se poursuit à Manhattan au milieu des buildings.

[ Note : les 3 paragraphes suivants sont des idées de Todd Tennant concernant la bataille entre Godzilla et Gryphon au World Trade Center dont les tours existaient encore quand le scénario a été écrit en 1994. Dans le scénario de Rossio et Elliott une des tours était détruite pendant la bataille. La version de Todd est un peu différente....]

Le Gryphon poursuit Godzilla privé de son rayon atomique à travers tout Manhattan et l'accule dans la zone du World Trade Center . Gryphon aperçoit le reflet de Godzilla dans une des tours. Nous avons un gros plan sur le visage du Gryphon figé dans une grimace démoniaque dardant sa langue tricéphale. Gryphon fonce sur les tours et juste au moment où il allait les détruire Godzilla sort de sa cachette et assène un violent coup de queue à Gryphon . Le Gryphon perd l'équilibre, mais parvient à le rétablir très avant de foncer droit sur Godzilla . Godzilla lui fait face et attrape Gryphon au vol par les ailes avant de lui faire décrire des cercles et de le jeter contre les petits immeubles du World Trade Center puis le projette dans les airs. Gryphon n'arrive pas à se rétablir cette fois-ci et s'écrase sur le bureau des Nation Unies , le détruisant totalement. (Un clin d'oeil à Destroy All Monsters ! où Godzilla détruit cet immeuble) .

Nous poursuivons cette scène du point de vue des humains qui voient Godzilla pousser le cri le plus puissant jamais entendu sur Terre (si cette version est adaptée en film je veux que les haut parleurs du ciné explosent !) résultant dans la destruction de toutes les vitres de tout les immeubles de Manhattan , y compris les vitres du World Trade Center !

L'inhibiteur de souffle thermonucléaire placé par les militaires sur Godzilla tombe et le cri puissant de Godzilla est suivi d'un tir de rayon thermonucléaire de pure fierté dans le ciel.

Godzilla utilise son souffle sur le Gryphon et le blesse. Gryphon tente de fuir, mais Godzilla le poursuit et utilise son souffle dans l'eau créant un immense brouillard qui aveugle Gryphon . Gryphon s'écrase sur le pont de Brooklyn et se coince dans les câbles. Godzilla arrache une des ailes du Gryphon mais celle-ci repousse immédiatement et le monstre se libère du pont. Le Gryphon s'élève à nouveau dans les airs et plonge à toute vitesse sur Godzilla qui attend le dernier moment pour se baisser . Gryphon est coupé en deux par les épines dorsales de Godzilla . Godzilla arrache la tête du Gryphon et brûle le corps.

Victorieux, Godzilla retourne en mer où il est poursuivi par des jets qui l'attaquent. Jill Llewellyn les rappelle, elle a finalement accepté la mort de Keith et pardonné Godzilla . À cet instant il semble que même Godzilla a fini par succomber aux blessures infligées par le Gryphon . Godzilla pousse un dernier cri de douleur et coule. (Exactement comme son prédécesseur dans Godzilla 54). Jill , Tina , Vaught et Fleer regardent la scène depuis le rivage tandis que Godzilla disparaît dans une masse de bulles et se demandent si Godzilla est mort finalement. Leur question trouve vite une réponse quand l'eau est illuminée par une lumière bleutée et qu'un rayon atomique en sort droit vers le ciel. Tout ceci bien entendu suivi du cri légendaire de Godzilla qui clôt cette histoire.