L'équipe de la G-force découvre Godzilla endormi et flottant à la surface de l'océan et décide faire appel au Dr . Yoshiwara . Alors que les affaires du Dr Yoshiwara sont débarquées une caisse s'ouvre dévoilant un lance missile Stinger . Helzer le pilote du Dr . Yoshiwara sort alors un revolver et tient les membres de l'équipe en respect pendant que le Dr  se prépare . Helzer explique qu'il est un des survivants de la première attaque de Godzilla réveillé par la découverte d'une étrange pierre lors d'une fouille menée par le père du Dr.Yoshiwara et qu'il l'assiste depuis dans ses recherches dans le but de tuer Godzilla . Le Dr Yoshiwara explique qu'elle a passé sa vie à étudier les cellules de Godzilla et qu'elle a mis au point un poison pour le tuer et venger ses parents . Le Dr utilise le missile Stinger pour injecter le poison à Godzilla apparemment sans effet , Kino en profite pour désarmer Helzer . Godzilla se réveille alors se tordant de douleur , la gueule et les yeux en sang . Les membres de la G-force et leurs invités ont juste le temps de fuit à bord de l'hydravion avant que Godzilla détruise leur bateau . Le monstre est pris de convulsions et sombre dans les profondeurs apparemment mort .

Godzilla n'est pas mort du poison que lui a injecté le Dr Yoshiwara mais la douleur l'a rendu fou furieux et il s'attaque aux Etats-unis . Také donne alors une conférence à la télévision et explique leur plan anti Godzilla : utiliser des ultrasons pour l'apaiser et l'isoler sur une île du Pacifique sud . Godzilla apparaît au Canada et détruit le pont de Vancouver tandis que l'aviation tente désespérément de l'attirer ailleurs. Le VTOL de la G-force arrive sur les lieux et utilise le modulateur de fréquences sonores pour apaiser Godzilla . L'appareil fonctionne parfaitement mais il  tombe mystérieusement en panne et Godzilla redevient furax utilisant son rayon thermique contre l'engin volant qui évite le crash de justesse . Le colonel Cameron décide alors d'utiliser la manière forte et de profiter de la faiblesse de Godzilla pour envoyer le Cybersaure le détruire . Pendant ce temps Kino et Také qui ont récupéré le module de fréquences sonores sont récupérés par l'hélicoptère de Kate la journaliste qui a interviewé Také . Kino démonte le modulateur de fréquence et découvre qu'il a été saboté n c'est alors que le Cybersaure apparaît pour affronter Godzilla ....

Alors que Godzilla agonisait son hurlement a été entendu par un monstre de l'espace nommé Bagorah qui fait route vers la Terre . Pendant ce temps tout le monde s'active autour du cadavre de Godzilla et le Dr. Yoshiwara est placé en détention . L'équipe du Dr Kagaku parvient à détecter des battements de coeur de Godzilla prouvant qu'il est encore vivant tandis que le Dr Yoshiwara prépare l'antidote pour soigner les gens victimes du sang empoisonné de Godzilla . Les militaire stationnés au camp G reçoivent un appel d'un observatoire astronomique leur annonçant l'arrivée de Bagorah . Bagorah arrive et décrit des cercles en volant autour du Cybersaure qui fait feu sur le monstre de l'espace . Bagorah utilise son cri hypersonique pour parasiter les communication avant de plonger dans la mer . pendant ce temps  Hetzer provoque une diversion pour permettre au Dr. Yoshiwara de s'échapper et de pouvoir administrer le vaccin à Godzilla . A la nuit tombée Bagorah réapparaît et attaque le Cybersaure qui parvient à le repousser grâce au modulateur sonique et à son armement . Bagorah utilise sa vitesse pour prendre le Cybersaure de court et le jeter à terre laissant le temps au Dr Yoshiwara d'administrer le vaccin à Godzilla . Bogorah s'acharne sur Cybersaure qui est au sol avant de se diriger vers Godzilla pour lui sucer le sang , il n'en a pas le temps , Godzilla l'empoigne à la gorge et s'apprête à lui coller une raclée ......

Godzilla se retrouve face à Bagorah qui lui envoie ses ondes soniques Godzilla tente de répliquer avec son rayon thermique mais il est tellement affaibli qu'il ne se passe rien hormis la luminescence de sa crête . L'armée intervient et s'attaque à Bagorah qui poursuit les avions militaires . Godzilla quitte les lieux et pourchasse Bagorah ce qui permet à une équipe de secours de pénétrer à l'intérieur du Cybersaure . Bahorah parvient à détruire les jets et se rend en ville à la recherche de nourriture  pendant ce temps le Colonel  Cameron fait arrêter le Dr Yoshiwara . Godzilla rattrape Bagorah à Vancouver et le combat reprend Bagorah mordant Godzilla au cou pour lui sucer le sang . Godzilla essaie à nouveau d'utiliser son rayon mais sans succès, la luminescence de sa crête dorsale déconcentre cependant Bagorah ce qui lui permet d'enfoncer un bus dans la gueule de la chauve souris extraterrestre . A l'intérieur du Cybersaure l'équipe de secours se hâte d'évacuer et y parvient juste à temps avant que la machine n'explose . Godzilla saisi Bagorah par les pattes et cette fois-ci parvient à lui expédier son rayon thermique en pleine face . Bagorah essaie de fuir mais Godzilla l'atteint de nouveau dans le dos et le monstre extraterrestre sombre dans la mer . Content de sa victoire le roi des monstres s'en retourne paisiblement dans l'océan . Pendant ce temps à la prison militaire le Dr Yoshiwara est assassinée par le Colonel Cameron .....

Un vaisseau de chasseurs extraterrestres , les Dianii arrive sur Terre à la recherche de Bagorah , s'apercevant que le monstre a été vaincu ils choisissent une nouvelle proie : Godzilla . Pendant ce temps sur Terre le Colonel Cameron dévoile son nouveau robot anti-Godzilla : le All-Terraintulla , une machine ressemblant à une araignée . All-Terraintulla attaque Godzilla et celui-cu réplique avec son rayon qui est malheureusement sans effet contre le blindage de la machine . De plus All-Terraintulla absorbe l'énergie du rayon et la renvoie sur Godzilla le mettant au sol . Voyant que leur future proie est en difficulté les Dianii enlèvent le camouflage de leur vaisseau et atterrissent à proximité du combat . Godzilla parvient à balayer All-Terraintula d'un coup de queue mais la machine envoie un missile bourré de cadmium qui drogue le reptile . Les Dianiis sortent de leur vaisseau et mettent All-Terraintula au tapis grâce à une de leurs armes. Ils sont à présent prêts pour commencer leur partie de chasse.....

Alors que les Diannis s'apprêtent à commencer leur chasse , Godzilla tombe au sol drogué par le cadmium que lui a injecté All-Terraintula . Un des Diannis électrocute Godzilla pour le réveiller mais alors qu'il fait le malin Godzilla l'attrape dans ses mâchoires et le jette au sol avant de l'écraser comme un insecte . Les autres Dianiis regagnent leur vaisseau pour prendre l'équipement nécessaire à la chasse tandis que Godzilla saccage la ville . La G-force tente de communiquer avec les Dianiis pour tenter de limiter les dégâts en ville mais ils sont ignorés , le Colonel Cameron quand à lui se prépare à s'introduire dans le vaisseau Dianii . Les Dianiis rattrapent Godzilla en ville et tandis qu'un groupe se poste en embuscade attendant Godzilla , un des Diannis est chargé de décocher des flèches sur Big G pour l'énerver et rendre la chasse plus intéressante .

Le Dianii commence son attaque sur Godzilla pendant ce temps le Colonel Cameron et ses hommes s'introduisent dans le vaisseau Dianii. Godzilla s'énerve et poursuit l'archer qui lui a tiré dessus et tombe dans l'embuscade Dianii . Un des Dianii lance un grappin dans les pattes de Godzilla pour le faire tomber au sol tandis qu'un autre lui lance un filet électrifié dessus . Un Dianii muni d'une lance se jette sur Godzilla pensant le tuer mais Big G se libère du filet , attrape le Dianii par la jambe et l'écrase contre le sol . Pendant ce temps dans le vaisseau Dianii le groupe du Colonel Cameron est interrompu par une Dianii qui montait la garde mais celle-ci est facilement maîtrisée . Le colonel et ses hommes dévoilent alors leurs véritables identités : ce sont les extraterrestres de la troisième planète du trou noir et ils viennent envahir la Terre .

Les Black Holers expliquent à Kate et Také que leur planète est en péril et qu'ils doivent conquérir la Terre pour survivre . Pendant ce temps Godzilla s'apprête à écraser l'apprenti chasseur des Dianii mais est stoppé par le costaud de la bande qui le retient par la queue. Godzilla le soulève d'un coup de queue et lui brise les jambes avant de l'écraser . Les Black holers poursuivent leur histoire en expliquant comment ils ont infiltré l'armée et planifié leur plan d'invasion . Les trois Dianiis survivants tentent d'échapper à Godzilla tandis que les Black Holers s'approprient le vaisseau Dianii et cherchent à tuer Godzilla grâce à All-Terraintula . L'archer des Dianii tente de faire diversion pour permettre au chef d'échapper à Godzilla et il se planque derrière un immeuble croyant Godzilla idiot . Big G lui renverse l'immeuble dessus et le tue . Les Dianiis restant tentent de contacter leur vaisseau mais les Black holers leur font comprendre que c'est inutile .et qu'ils vont utiliser l'armement du vaisseau pour tuer Godzilla . Le chef des Dianiis est tué par All-Terraintula ce qui rend le jeune apprenti fout de rage et il jette la machine directement sur Godzilla. Celui-ci écrase le robot entre ses pattes et absorbe l'énergie libérée . Dans le vaisseau Kate et Také coopèrent avec la Dianii prisonnière afin de saboter le vaisseau et de s'échapper . Les Black holers perdent les boucliers du vaisseau et Godzilla le détruit avec son rayon. La bataille terminée Godzilla retourne errer dans les ruines surveillé de près par la G-force .

Godzilla débarque en Californie et ravage un parc d'attraction . La G-force tente de repousser le monstre mais sans effet , c'est alors que Godzilla s'évanouit dans les airs . Godzilla est en fait téléporté par le Pr. Mason qui utilise sa machine à remonter le temps et Godzilla pour s'emparer de richesses à travers les époques .  Godzilla débarque à Pompei et ravage la ville pendant que les hommes de Mason pillent la ville . Dans le présent le Dr. Kagaku termine sa propre machine à voyager dans le temps grâce à l'aide du Dr Meltev afin de se lancer à la poursuite de Godzilla . Une fois Pompei mise à sac le Pr Mason téléporte Godzilla et son équipe en 1588 afin d'attaquer  l'armada espagnole .

Hetzer et Meltev débarquent en 1588 et recherchent des informations dans une taverne locale où ils font la connaissance de William Shakespeare tandis que le Pr. Mason attend patiemment sous l'eau avec Godzilla que l'armada espagnole passe au dessus d'eux . L'armada espagnole arrive prête à en découdre avec les anglais mais Godzilla émerge des flots et la taille en pièce tandis que l'équipe du Pr mason récupère les reliques . A la taverne une bagarre éclate mais Sir Francis Drake intervient et propose à Meltev et Hetzer de monter dans son bateau pour voir le Leviathan . En fait de Leviathan il s'agit de Godzilla qui détruit toute l'armada espagnole sans que les anglais n'aient à lever le petit doigt .Hetzer et Meltev sont espionnés par Dixon le bras droit de Mason mais des remous causés par Godzilla font remonter son sous-marin à la surface ce qui permet sa capture . Voyant ses opérations compromises le Pr Mason décide de changer d'époque et emmène Godzilla avec lui . Také et Kino parviennent quand à eux à quitter l'année 5024 où ils ont été expédiés par erreur et se retrouve en 1906 à San Francisco .

Mason poursuit ses transactions avec les hommes du futur qui sont prêts à l'emmener au stock d'armes en échange de Godzilla .  Un Dixon robot contrôlé par la G-force arrive alors et s'arrange pour obtenir des informations de Mason en se faisant passer pour son assistant .  Mason se rend au stock d'arme et respecte sa promesse en téléportant Godzilla en 2299 . Le plan de Mason est d'utiliser à la fois Godzilla et l'armement du futur pour devenir le maître du temps . Godzilla commence à détruire la cité du futur , Dixon essaie de raisonner Mason mais le professeur utilise une arme du futur contre lui , il s'aperçoit alors qu'il s'agit d'un robot . La G-force intervient alors et le Pr . Mason se retrouve englué au sol  en plein milieu de son discours . Mason tente de s'enfuir avec son téléporteur mais il se fait manger par Godzilla qui se retrouve téléporté à sa place . La G-force s'échappe de justesse et retourne dans le présent où elle se met à la recherche de Godzilla .

Un monstre détruit un village de pêche du Perou , la G-force part enquêter .  Les membres de la G-force pensent qu'il s'agit de Godzilla excepté Hetzer qui lui sait qu'il existe d'autres monstres géants . Les traces du monstre mènent jusqu'à une cavité que Kino et Také partent explorer . La force aérienne du Perou arrive sur les lieux et se retrouve confronté à Godzilla qui détruit tout les appareils . Kino et Také découvrent deux monstres qui semblent être des bébés mais la mère n'était pas loin et ils utilisent une lampe qui émet un flash pour l'effrayer . Le flash rend la mère Burtannus furieuse et elle se lance à la poursuite de Kino et Také qui lui échappent de justesse . Godzilla attaque alors Burtannus et la mord sauvagement au cou .avant d'utiliser son rayon . Burtannus contre-attaque en émettant de l'électricité à la manière d'une anguille électrique . Profitant que Godzilla est décontenancé , Burtannus lui décoche un coup de queue de toutes ses forces et le fait tomber au sol . Godzilla qui en assez s'en va laissant Burtannus et ses petits tranquilles .

Kazushi met au point une nouvelle invention pour lutter contre Godzilla : des électrodes à placer sur sa tête qui envoient des ondes causant le sommeil . Kino et Také sont chargé de l'opération et tout le matériel pour escalader Godzilla leur est fourni . Godzilla est vite repéré alors qu'il attaque une île du Pacifique sud , Herzer fait diversion avec le VTOL tandis que Kino et Také débutent leur mission . Ils escaladent tant bien que mal Godzilla qui n'arrête pas de bouger mais sont attaqué par un Shokirus , un insecte parasite de Godzilla .  Kino se retrouve plaqué par le Shokirus mais Také parvient à le tuer grâce au lance fusée de détresse . Arrivés sur la tête de Godzilla ils placent les électrodes et Kazushi envoie les ondes . Godzilla tombe au sol endormi tandis que Kino et Také descendent en parachute .  Le choc de la chute de Godzilla réveille un volcan local et la lave commence à couler . Godzilla reçoit des jets de lave et se réveille en colère , il utilise son rayon contre le volcan , ce qui stoppe l'éruption puis s'en va en mer .

Quatre grands scientifiques sont conduit sur une île où ils sont attendus par le Dr. Yamazaki . Ils sont conduit dans un laboratoire souterrain où se trouve un reacteur nucléaire et un crustacé géant dans un bassin . Le monstre est relâché et détruit un bateau avant de se diriger vers Sydney . A Sydney Godzilla reste immobile devant la mer semblant attendre quelque chose , la G-force le surveille quand elle est avertie du déplacement d'un objet non identifié de grande taille dans leur direction . L'objet n'est autre que le monstre de l'île de Lord Howe qui émerge et engage le combat avec Godzilla . Le crustacé attaque Godzilla avec un rayon et avec ses pinces le jetant au sol . Godzilla se débat et les deux monstres se retrouvent en ville où ils poursuivent leur combat . Godzilla s'en prend plein la tête et se retrouve encore une fois au sol ce qui le met en rage . Il tackle le crustacé d'un coup de queue , lui décoche son rayon , lui fracasse le crane avec un lampadaire avant de lui arracher la pince et de le laisser se vider de son sang . Le monstre mort , Godzilla s'en retourne à la mer .

Godzilla repose paisiblement au fond de l'océan quand un séisme sous-marin à lieu . L'énergie dégagée par le séisme créé une déchirure espace-temps et Godzilla se retrouve à une époque qu'il connaît bien : la préhistoire .  Il part explorer les lieu et colle une raclée à quelques T-rex qui lui cherchent des noises . Mais Godzilla n'est pas le seul super prédateur du coin , un monstre de l'espace le Stranger est venu contenter son appétit sur Terre et il jette son dévolu sur Godzilla .  Le Stranger attaque Godzilla part les airs et le jette à terre , big G contre-attaque avec son rayon et repousse le monstre extraterrestre . Les deux monstre se font face sans remarquer l'astéroïde qui arrive droit sur la Terre .  Le Stranger enfonce ses griffes dans la chair de Godzilla et se prend un rayon nucléaire dans la tronche . L'astéroïde s'écrase sur Terre et dévaste tout , le Stranger essaie de s'échapper mais Godzilla le retient par la queue et lui coupe en deux .  Le Stranger est pulvérisé par l'onde de choc et Godzilla se retrouve englouti sous terre avant de se réveiller dans le présent au fond de l'océan la queue de Stranger dans les mains ....

Une équipe d'archéologues découvre une étrange pierre radioactive sur le terrain d'un chantier . Quelques temps après la mise à jour de la pierre des phénomènes étranges se déroulent , des pluies de sauterelles et des monstres sont aperçus dans le ciel et en mer . Le professeur Yoshiwara décrypte les inscriptions de la pierre qui annoncent le retour des monstres attirés par la stèle . Une pluie de sauterelle apparaît en ville et le port se retrouve bouchés par le suicide en masse d'animaux marins . Godzilla apparaît alors et commence à ravager la ville appelé par la pierre tandis que Soran l'oiseau tonnerre arrive par les airs et que l'oeuf d'Inagos éclot . Pour permettre à sa femme et à sa fille fuir ,le Pr Yoshiwara utilise un hélicoptère pour distraire Godzilla et se sacrifie tandis qu'un autre hélicoptère emmène la pierre au large . Godzilla suit la pierre écrasant la femme de Yoshiwara au passage et laissant sa fille orpheline . Alors que l'hélicoptère survole la mer il est attaqué par Soran , Helzer le pilote laisse tomber la pierre au fond de la mer . Godzilla et Soran plongent dans l'eau mais seul Godzilla parvient à la suivre . A Tokyo , Noriko la fille de Yoshiwara trouve une écaille de Godzilla et jure de l'étudier pour trouver un moyen de se venger .

La G-force se rend sur une petite île vers laquelle Godzilla semble se diriger pour aider les habitants . Ils retrouvent Kogenta un ami à eux et l'avertissent de la venue de Godzilla . Kogenta réuni les habitants pour en parler tandis que Godzilla s'amuse avec un croiseur au large . Okii(mune la prêtresse du dieu de l'île refuse l'aide de la G-force et fait abriter les habitants prés du temple . Godzilla arrive au village et fait un carnage Okii'mune décide de demander de l'aide à Gekido Jin un Oni pétrifié possédé par l'esprit d'un moine . Godzilla s'approche de la statue de Gekido Jin pour la détruire mais la G-force intervient pour donner le temps à Okii'mune d'invoquer le Oni . Ils utilisent une sonde pour prélever du tissus nerveux de Godzilla mais celui-ci s'énerve et  une pierre atteint Okii'mune au front la mettant KO . kogenta décide de prendre sa place et de se sacrifier pour réveiller Gekido Jin mais Godzilla l'écrase lui et la statue  . Gekido Jin se reconstitue et  frappe Godzilla avec son marteau , il se prend un rayon thermonucléaire et éclate en morceaux . Gekido Jin se reforme à nouveau  plus grand mais Godzilla le met à nouveau en pièces ne lui laissant pas le temps d'attaquer . Pour donner du temps à Gekido Jin la G-force utilise l'orage et la sonde pour électrocuter Godzilla et le distraire quelques instants . Gekido Jin qui a maintenant la taille de Godzilla peut se défendre et attaquer avec son marteau , il parvient à mettre Godzilla au sol mais se fait tackler par un coup de queue . Gekido Jin attaque Godzilla au corps à corps mais Big le repousse et l'entraîne dans l'eau avec lui .avant de le pulvériser avec son rayon . Seul Godzilla émerge , content de sa victoire il s'en va et laisse les habitants en paix . Kogenta quand à lui demeure prisonnier de la statue de Gekido Jin pour l'éternité au fond de la mer .