Ce manga est une adaptation du film "Godzilla Vs Destoroyah" et prend de nombreuses libertés avec le film. L'histoire commence avec l'envoi de MOGERA 2 et MOGERA 3 pour stopper Godzilla dont le corps commence à ressentir les effets de la fusion imminente. Les machines déploient tout leur arsenal, mais sont réduites en miettes d'un seul coup du rayon radioactif surpuissant de Burning Godzilla qui poursuit sa route sans être inquiété . Pendant ce temps dans un complexe militaire, les Destoroyah juvéniles apparaissent et tuent tout le personnel à l'exception d'un groupe de survivants sauvés in extremis par le sacrifice d'un de leur collègue.
Godzilla Jr quant à lui apparaît sur la côte et un véhicule volant lourdement armé est envoyé l'accueillir. Pendant l'attaque, Destoroyah refait surface sous sa forme volante et s'attaque alors au jeune saurien. Le combat fait rage et Destoroyah projette sa corne frontale qui transperce Junior , ce dernier contre attaque avec son rayon et tue Destoroyah non sans que celui-ci lance en mourant un dernier rayon qui au contact de sa corne fait exploser la moitié du corps de Godzilla Jr qui meurt à son tour.
Godzilla Sr apparaît alors sur les lieux et voyant le cadavre de son fils entre dans une colère noire et entreprend de réduire tout ce qui se trouve sur son chemin en poussière. L'armée l'attaque avec tout ce qu'elle possède à sa disposition, mais sans succès et Destoroyah adulte apparaît alors. Le combat entre les deux monstres et intense et violent les deux titans s'échangeant coup pour coup jusqu'à ce que l'armée utilise des bâtons cryogéniques sur Godzilla et congèle les deux monstre dans un seul et même bloc de glace. Face au meurtrier de son fils Godzilla rassemble toutes ses forces, libère sa tête du bloc de glace et utilise son rayon thermique pour décapiter Destoroyah et se venger.
Godzilla sent la fin approcher et jette un dernier regard vers le cadavre de Junior avant d'entrer en fusion et de se liquéfier. L'énergie radioactive du corps de Godzilla se concentre alors en une masse liquide qui se dirige vers le corps déchiqueté de Junior et l'inonde réparant les tissus de la créature et complétant sa mutation. Junior se relève alors, maintenant adulte prêt à suivre les traces de son défunt père.