Tout commence à la fin de "Gamera 2 attack of  Legion" , Gamera utilise le rayon mana pour venir à bout de Legion et s'en retourne dans l'océan panser ses blessures. Pendant ce temps sur une île un groupe de chasseurs de trésor s'aventure dans des cavernes souterraines à la recherche d'un artefact de légende. La plupart d'entre eux meurent victimes des pièges que la caverne renferme et les quelques survivants se retrouvent face à un squelette géant et à d'étranges peintures représentant des créatures ailées combattues par un dragon. Le plus véreux des aventuriers se débarrasse des autres et récupère un étrange joyau dans le crâne du squelette géant qu'il décide de ramener au Japon pour faire fortune. Le joyau est en réalité l'oeuf de Barugon qui éclot et tue l'aventurier avant de se diriger en ville où il ravage tout, dévorant une partie des habitants et pétrifiant les autres dans de la glace. La JSDF est déployée, mais Barugon est trop rapide et détruit les hélicoptères grâce à son souffle glacé avant qu'ils ne puissent le toucher. Une attaque est alors tentée à distance depuis le rivage grâce à des navires de guerre, mais Barugon qui a plus d'un tour dans son sac utilise son rayon arc en ciel et les met en pièces. Pendant ce temps Gamera qui poursuit sa campagne d'extermination des Gyaos est rejoint par Asagi qui lui fait comprendre que son aide est requise contre Barugon . Gamera se lance à l'attaque en tournoyant et met à mal Barugon qui utilise son souffle glacé. Le choc du feu de Gamera et de la glace de Barugon provoque une tempête et ce dernier en profite pour passer à l'offensive grâce à sa rapidité. Gamera tente bien que mal d'anticiper les coups, mais Barugon qui se dissimule sans mal dans la tempête parvient à le congeler non sans avoir perdu sa queue déchiquetée par une boule de plasma de Gamera . Débarrassé de Gamera , Barugon poursuit son carnage la JSDF totalement impuissante, Asagi et son ami un survivant de l'expédition utilisent un joyau scintillant pour captiver l'attention de Barugon et l'entraîner vers le rivage dans l'espoir de le noyer. Gamera se libère de sa prison de glace tandis que Barugon s'attaque à l'avion d'Asagi . Son attention détournée par le joyau Barugon ne voit pas Gamera arriver et se retrouve entraîné vers le large où les deux monstres se livrent combat sur une étendue de glace créée par Barugon . Malgrè tous ses efforts Barugon ne peut esquiver une boule de plasma de Gamera qu'il reçoit en pleine tête et coule au fond de l'océan....