En Alaska un iceberg où Godzilla était enfermé fond à cause d'un printemps un peu trop chaud . Godzilla se libère et après avoir détruit un phare se dirige vers une exploitation  pétrolifère en plein milieu de l'Alaska et la réduit en cendre . Un helitransporteur du SHIELD commandé par l'agent Dugan est envoyé pour s'occuper de Godzilla . Un escadron "angel" est envoyé pour la première attaque mais Godzilla les détruit d'un seul revers de la main . L'agent Dugan tente de distraire Godzilla pendant que des jets l'attaquent avec des missiles mais sans succès , Godzilla n'en fait qu'une bouchée . Le commandant Dugan fait alors amener un gros canon laser qui est ce que le SHIELD a de mieux comme artillerie . Godzilla encaisse le laser et contre-attaque avec son rayon radioactif détruisant la machine et mettant le feu au pétrole répandu sur le sol transformant toute l'installation en immense brasier . Godzilla essaie d'attraper l'agent Dugan et l'agent Woo et provoque une avalanche qui par chance éteint l'incendie , Godzilla se désintéresse alors du lieu et s'en va . Nick fury arrive alors sur les lieux accompagné par le Professeur Takigushi qui avait rencontré Godzilla en 1956 ,  Tamara l'assistante du professeur et Robert son petit fils . Le professeur explique alors à l'agent Dugan et à Nick Fury que les armes conventionnelles ne fonctionneront jamais et que seule l'arme secrète qu'il à mise au point dans son laboratoire pourra tuer Godzilla .

Godzilla débarque dans le port de Seattle et commence à tout détruire en ville . Pendant ce temps dans l'hélitransporteur du SHIELD transformé en quartier général de "l'opération verte" , le Dr Takigushi raconte l'histoire de Godzilla au commandant Dugan . Robert le petit fils du Dr intervient et dit que Godzilla ne doit pas être tué car il a défendu plusieurs fois le Japon contre d'autres monstres géants . Godzilla semble attiré par les lumières de la ville et il s'apprête à détruire une tour quand Dugan et ses agents viennent le distraire avec des sortes de plates formes volantes . Pendant ce temps l'agent Gabe est envoyé détruire la centrale électrique de la ville pour la plonger dans l'obscurité totale . Les agents du SHIELD créent alors une chaine jusqu'à l'océan et éclairent leur plate formes pour attirer Godzilla vers la mer . Godzilla suit les lumières et est attiré jusqu'à une falaise devant laquelle il s'immobilise . L'helitransporteur apparait alors et dirige tout ses projecteurs contre Godzilla qui se retrouve aveuglé et en déséquilibre sur le rebord .  Des machines hydroliques s'avancent alors derrière Godzilla et catapultent d'énormes blocs de pierre sur le monstre , le faisant chuter dans l'océan . Godzilla réémerge et s'en va au large .

Godzilla débarque à San Francisco et s'approche dangereusement du Golden Gate Bridge avec une certaine envie de le détruire . Pendant que la police essaies désespérément de le stopper , une alarme retenti au quartier général des Champions . Hercules , Black Widow , Angel et Iceman prennent un de leur jet et font route pour affronter Godzilla . Pendant ce temps dans l'helitransporteur du SHIELD , Dugan et Gabe tentent de trouver un plan pour éviter d'être à nouveau ridiculisés par Godzilla . Godzilla se détourne du pont et les Champions passent à l'attaque . Godzilla expédie Angel au sol d'un coup de queue et s'apprête à l'écraser quand Hercules s'interpose et bloque le pied de Godzilla de toute ses forces avant de le renverser au sol . L'hélitransporteur du SHIELd arrive alors et se prépare à attaquer avec un filet électrifié . Pendant ce temps à détroit Tony Stark reçoit le professeur Takigushi et met son laboratoire et ses équipements à sa disposition  pour mettre au point son arme spéciale anti-Godzilla . Pendant que le SHIELD et les Champions se disputent pour savoir qui doit mener les opération Godzilla en profite pour continuer à tout détruire et let le Golden Gate Bridge en morceaux . Iceman essaie de stopper Godzilla en gelant sa tête avec de la glace mais il se libère vite . Le SHIELd se prépare à lancer les filets électrifiés alors qu'Hercules nage vers Godzilla pour l'affronter . Dugan donne l'odre de stopper les filets mais trop tard , Godzilla évite les filets et les remous créés par son déplacement emportent Hercules au fond de l'eau . Hercules se ressaisi attrape un morceau du pont qui se trouvait au fond de l'eau et le jette vers Godzilla qui plus agile qu'il n'y parait l'évite sans problème . Le débris atteint l'hélitransporteur du SHIELD qui s'écrase aux pieds de Godzilla . Godzilla joue quelques instant avec une des hélices de la machine puis visiblement ennuyé s'en retourne vers l'océan .

Un cargo se dirigeant vers le Canada est attaqué par Batragon un monstre volant  alors que le pétrole se déverse Godzilla fait surface et attaque Batragon avec son rayon radioactif . Godzilla passe Batragon à tabac et lui casse une aile , le monstre ailé s'enfuit tant bien que mal dans les airs poursuivi par Godzilla . Alors que les deux monstres s'éloignent un deuxième cargo approche et de mystérieux hommes masqués pompent tout le pétrole qu'ils peuvent récupérer . Pendant ce temps là le commandant Dugan et son équipe du SHIELD sillonnent l'océan à la recherche de Godzilla  et les travaux se poursuivent à Stark Industry . Godzilla continue de suivre Batragon et arrive sur île enneigée . Batragon se dirige vers un volcan éteint et descend dans le cratère où se trouve un dôme étrange et d'autres monstres gigantesques enfermés dans une cage . Le dome est en réalité le quartier général du Dr Demonicus qui a créé les monstres et qui ouvre la cage afin que Batragon puisse se guérir à proximité d'une météorite irradiante . Le Dr Demonicus exploite des esquimaux pour extraire du minerais de météorite afin de pouvoir transporter ses monstres où il veut . Godzilla arrive et tue les hommes du Dr Demonicus avant de retourner vers le sommet du volcan afin de retrouver Batragon . Batragon veut se venger de Godzilla et se libère de la cage avant de se jeter sur lui . Les deux monstres tombent au pied du volcan , Godzilla tenant Batragon entre ses griffes . Godzilla projette Batragon au sol et lui brise le crane contre un rocher avant de remonter vers le cratère dans l'optique d'attaquer les autres monstres qui s'y trouvent . Les hélicoptères du SHIELD arrivent alors et attaquent Godzilla permettant au Dr Demonicus de préparer un plan d'attaque : lâcher ses autres monstres contre le vainqueur épuisé par le combat .

Godzilla continu son combat contre les hélicoptères du SHIELD pendant que le Dr Demonicus se frotte les mains en pensant à sa future victoire . L'agent Dugan aperçoit alors les autres monstres dans le cratère et amorce une descente , Demonicus dont le plan est contrarié libère alors les monstres : Ghilaron , Lepirax et Centipor . Godzilla se retrouve assailli par Ghilaron et Centipor pendant que Lepirax attaque les hélicoptères du SHIELD . Les agents du SHIELD infiltrent la base de Demonicus et libèrent les esquimaux pendant que Godzilla brule Centipor vivant avec son rayon radioactif . Pendant ce temps Demonicus raconte son histoire de généticien fou et incompris et la façon dont il a créé ses monstres à l'agent Gabe qui est son prisonnier . Demonicus est rendu furieux par la vision de Godzilla réduisant Ghilaron en viande hachée et décide d'aller l'attaquer lui-même , ce qui donne une opportunité à l'agent Gabe de se libérer et d'attaquer Demonicus . Le commandant Dugan quant à lui a des difficultés face à Lepirax qui ne le lâche pas mais Godzilla intervient et sauve Dugan en cramant Lepirax . Godzilla regarde si Dugan et les autres vont bien puis s'en détourne et rejoint la mer pendant que le SHIELD embarque Demonicus et ses hommes .

Godzilla quant à lui continue à tout casser dans la base du SHIELD et doit faire face au Behemoth et à son artillerie .Godzilla s'est évadé de sa prison et détruit tout dans la base du SHIELD , pire encore il se dirige vers un silo de missile nucléaires . Dugan envoie Gabe au laboratoire Starck pour chercher l'arme secrète anti-Godzilla . Malheureusement le robot géant "Red Ronin" est hors de contrôle , Robert qui s'est glissé aux commandes étant inconscient . L'agent Woo se fait conduire via hélicoptère vers la tête du robot et pénètre dans la salle des commandes . Appuyant sur les boutons un peu au hasard il parvient par miracle à arrêter le robot avant qu'il ne fasse exploser des bonbonnes géantes de gaz pressurisé . L'agent Woo extrait Robert du robot et décide de le piloter à son tour pour aller affronter Godzilla . Woo ne parvient pas à utiliser le robot , celui-ci semble ne vouloir répondre qu'à une seule signature cérébrale : celle de Rob . Rob qui entend ça s'introduit à nouveau dans Red Ronin et parvient à la piloter sans difficultés testant ses différentes fonctionnalités sur le chemin . Red Ronin apparait face à Godzilla et l'attaque sans le blesser pour détourner son attention , Rob voulant l'éloigner et lui sauver la vie .

Godzilla et Red Ronin se font face mais Rob refuse d'utiliser la lame laser à pleine puissance contre Godzilla , il se contente alors de l'utiliser à puissance minimum pour l'éloigner des missiles nucléaire . Dugan profite de l'occasion et descend avec le Behemoth pour attaquer Godzilla mais Red Ronin s'interpose et utilise sa lame laser pour court-circuiter le Behemoth . Red Ronin utilise ensuite des câbles magnétique pour harnacher Godzilla et le déplacer par les airs . Godzilla se débat et détruit les câbles avec son souffle radioactif ce qui le fait chuter dans la baie de San Diego , Red Ronin quant à lui parvient a éviter la chute de justesse grâce à sa volonté . Le combat se poursuit ensuite au corps à corps entre les deux adversaires , Red Ronin utilisant son bouclier pour bloquer le souffle de Godzilla et l'attaquer à distance . Godzilla est sonné par un coup de bouclier Red Ronin transforme alors sa main gauche en bazooka , mais Godzilla esquive l'attaque et met Red Ronin au sol d'un coup de queue . Alors que le Behemoth réparé se prépare à repasser à l'attaque Red Ronin utilise à nouveau son laser pour le court-circuiter et sauver Godzilla . Red Ronin s'immobilise alors et essaie de faire comprendre à Godzilla qu'il doit partir vers la mer , Godzilla comprend et s'en va vers le large .

Godzilla par sa nature amphibienne est en manque d'élément aquatique après avoir traversé le désert pendant deux jours , il se rend au Boulder Dam un barrage de l'Arizona et le détruit . L'eau emporte Godzilla a travers le Nevada jusqu'à proximité de Las Vegas où il se demande si il va aller faire un tour en ville ou non . Pendant ce temps Rob se fait passer un savon par Dugan pour avoir désobéi et utilisé Red Ronin sans permission . Godzilla de son coté est attiré par les lumière clignotantes de Las Vegas et s'y rend en détruisant quelques casinos . La police de Las Vegas essaie d'arrêter Godzilla mais sans aucun succès . Le barrage précédemment endommagé par Godzilla cède complètement et une trombe d'eau s'abat sur Las Vegas expulsant le monstre hors de la ville . Godzilla décide de quitter Las Vegas et se rend dans le désert .

Le Behemoth poursuit Godzilla dans le désert dans une zone où des essais nucléaires ont eu lieu trois mois auparavant . Les radiations de ces essais nucléaire se sont répandue souterrainement et ont contaminé un homme-singe préhistorique piégé dans la glace qui s'est libéré et est devenu géant : Yetrigar . Pendant ce temps Rob échappe à la vigilance de ses gardiens et s'introduit à nouveau dans Red Ronin . Le Behemoth tombe sur Yetrigar dans le désert qui lui lance un énorme bloc de roche qu'il ne peut éviter à temps et qui le fait s'écraser . Rob de son coté s'introduit dans le centre de commandes de Red Ronin et le fait décoller . Godzilla poursuit sa marche dans le désert conscient d'être suivi par quelque chose et se retrouve devant un précipice , ne pouvant aller plus loin . Il se retourne alors et se trouve face à Yetrigar , le combat s'engage et Yetrigar décoche un direct du droit dans la mâchoire de Godzilla le déséquilibrant et le faisant tomber dans le ravin , mais est également emporté par Godzilla qui l'agrippe avec ses griffes . Les deux monstres se retrouvent dans la rivière au fond du canyon et Godzilla lance son rayon thermique sur Yetrigar mais celui-ci trouve une parade en utilisant un gros rocher pour bloquer le rayon et contre-attaque . Il parvient à éviter un coup de queue de Godzilla mais se fait croquer le bras par le lézard atomique . Yetrigar se dégage et attaque en boxant mais Godzilla le repousse avec son rayon . Un bruit se fait alors entendre et Red Ronin apparaît .

Red Ronin s'interpose entre Godzilla et Yetrigar et les sépare . Yetrigar attaque Red Ronin mais celui-ci le repousse malheureusement la flamme de Godzilla destinée à Yetrigar touche Red Ronin à la place . Yetrigar profite de la confusion et lance un rocher dans la tête de Godzilla , Red Ronin l'attaque et parvient à l'immobiliser . Yetrigar se libère de l'étreinte de Red Ronin et le balance contre la montagne se qui fait chuter des éboulis sur un groupes de personnes qui faisaient du rafting . Le commandant Dugan fait demander un avion et avec Gabe ils suivent  la piste de Godzilla  . Godzilla  met Yetrigar dans les vapes et s'apprête à le tuer mais Red Ronin intervient car Rob veut qu'aucun des deux monstres ne soit tué . Godzilla attaque alors Red Ronin qui se défend en repoussant Godzilla , Yetrigar profite de la situation et se jette sur Red Ronin qui tombe au sol . Godzilla intervient pour sauver Red Ronin mais affaibli il est repoussé facilement par Yetrigar , cependant Red Ronin parvient à en profiter pour se relever . Red Ronin sort alors sa lame laser et n'ayant pas d'autre solution se décide à tuer Yetrigar en faisant ébouler des rochers sur lui . l'avion de Dugan arrive et sauve les quatre personnes qui faisaient du rafting et qui on survécu aux monstres . Godzilla remercie Red Ronin et s'en va poursuivre sa route .

Godzilla apparaît pour aider Red Ronin à affronter Triax , le combat entre les trois géants s'engage . Triax s'envole dans les airs avant de descendre en piqué sur Godzilla qui tombe au sol , Red Ronin sort sa lame laser et attaque Triax qui est également attaqué par Godzilla et son rayon thermique . Triax s'enfuit vers la ville mais est intercepté par Red Ronin qui tente de le repousser en dehors de la cité .  Triax étant en danger les deux autres monstres de l'espace Krollar et Rhiahn arrivent pour l'aider et tuer Red Ronin et Godzilla . Les monstres qui sont en partie des cyborgs adoptent une tactique de combat combinée , Triax décolle dans les airs , Krollar s'enterre et Rhiahn s'envole avant d'attaquer Godzilla avec ses immenses mâchoires . Krillar réémerge de sous terre juste en dessous de Red Ronin pour le déséquilibrer tandis que Godzilla arrache une patte à Rhiahn et lui lance son rayon nucléaire afin de revenir au sol . Pendant ce temps dans l'espace les Betan captent un message émanant des megans et disant qu'ils sont en route vers la Terre pour donner plus de puissance à leurs monstres grâce à un rayon ; le chef des bêtans fait préparer un vaisseau de combat pour les intercepter . Les trois monstres de l'espace reçoivent l'ordre de pénétrer le centre ville et de tout détruire , Godzilla Red Ronin et l'armée se lancent à l'assaut . Dugan arrive sur place et prend le commandement des opération militaires demandant à l'armée de cesser le feu . Riahn parvient à décapiter Red Ronin avec la lame de sa queue et le robot tombe au sol hors service .Dans l'espace les deux vaisseaux aliens se battent le vaisseau megan est sévèrement touché mais il parvient à endommager le vaisseaux bêtan et bloque son pilote automatique sur la base lunaire , ce qui permet aux megans de continuer jusqu'à l'atmosphère terrestre et d'envoyer leur rayon sur les monstres avant d'exploser . Les monstres spatiaux sous l'effet du rayon se mettent à grandir et deviennent plus fort , Godzilla étant à présent seul face à eux ....

Red Ronin est au sol et Rob est inconscient , Tamara venue sur les lieux avec l'agent Woo se précipite pour l'aider mais elle est repérée par Triax qui la charge. Dugan prend son jet spécial du SHIELD et fait s'écrouler un immeuble sur Triax pour laisser le temps à Tamara et Woo de récupérer Rob . Godzilla quant à lui est pris entre Krollar et Rhuahn et subit les assauts des deux monstres. Rhiahn essaie d'attraper Godzilla mais celui-ci se libère avec un coup de queue , Krollar tente alors une tactique de diversion pour laisser du temps à Rhiahn pour se rétablir . Godzilla essaie d'empêcher Krollar de s'enterrer mais ne parvient pas à la faire sortir , Triax e profite pour l'attaquer par les airs et le faire tomber au sol permettant à Krollar de porter un deuxième coup . Dugan et Gabe prennent chacun un appareil et attaquent Rhiahn et Triax pour permettre à Godzilla de souffler un peu et de tuer les monstres un à un .  Godzilla fracasse Krollar contre le sol d'un coup de queue , lui envoie un rayon thermique pendant qu'il se débat au sol et le taille en pièces avec ses griffes . Godzilla se tourne ensuite vers Triax et l'attaque avec son rayon nucléaire , celui-ci s'envole dans les airs avant de charger Godzilla gueule grande ouverte ; mauvaise tactique il se prend un rayon nucléaire qui le traverse de part en part . Dugan a des ennuis avec Rhiahn mais il est sauvé de justesse par Gabe et Godzilla , son appareil est projeté directement dans les griffes de Godzilla qui le pose délicatement au sol avant de foncer vers Rhiahn . Rhiahn attrape Godzilla dans ses mâchoires mais Big G se libère sans problème , le monstre de l'espace utilise alors la lame de sa queue mais Godzilla qui est plus intelligent qu'il parait attrape Rhiahn par en dessous et rapproche sa queue de sa tête ce qui le décapite . Les megans ne reçoivent plus de signaux de leurs monstres et comprennent qu'ils ont échoués et qu'il est peut être temps d'arrêter la guerre avec les bêtans . Godzilla  de son coté quitte tranquillement le lieu du combat vers d'autres aventures ....

Après sa bataille contre les monstres de l'espace Godzilla s'en va explorer la région et se retrouve dans une vallée dont le sol est jonché de squelette de bétail . Deux cow-boys qui enquêtent sur la disparition du bétail aperçoivent Godzilla , mais celui-ci les ignore et préfère faire une sieste pour retrouver des forces . Les cow-boy vont voir leur patron qui décide de préparer une attaque contre Godzilla en réunissant tout les ranchs du coin , attaque qui servira de couverture pour d'autres activités moins avouables . Alors que les cow-boys sont tranquillement assis autour d'un feu , un bruit se fait entendre et un troupeau de boeuf paniqué court dans tout les sens . Les gars essaient tant bien que mal de les éloigner mais Godzilla apparaît , un des cow-boys appelé Hal se fait passer des bâtons de dynamite et les attache sur la queue de Godzilla . La dynamite explose et détourne l'attention de Godzilla suffisamment longtemps pour empêcher le bétail de sauter dans la rivière . Godzilla est furax et poursuit Hal et Jake jusqu'au ranch  où ils sont venus alerter leur patron . Ils n'ont pas le temps de fuir que Godzilla commence déjà à tout détruire....

Godzilla détruit le ranch de Mr Hawk le chef des cow-boy du coin qui en réchappent de justesse puis continue sa route . Hawk convoque tout les ranchers et parvient à les convaincre de faire une battue pour tuer Godzilla . Le piste de Godzilla est facilement retrouvée et elle mène jusqu'à un canyon . Bill Ford et Lefty Walsh qui ont des choses à cacher essaient d'empêcher les autres d'accéder au canyon en éboulant des rochers devant l'entrée . Le chemin devant Godzilla est alors bloqué et il se retourne pour faire face à toute l'équipe de cow boys qui l'attaque . Godzilla est plus ennuyé que menacé par ces petits hommes et n'a pas vraiment envie de les tuer , il lance alors son rayon radioactif sur l'éboulement et libère le passage . Craignant que leur magouille soit découverte bill Ford et ses hommes attaquent Hawk et les siens  ce qui donne une bataille rangée entre cow-boys . Les hommes de Hawk ont le dessus et parviennent à capturer les hommes de Ford qui lui s'est esquivé en hauteur avec un fusil pour tuer Hawk à distance . Alors qu'il est sur le point d'appuyer sur la détente Godzilla s'approche et le jette en contrebas d'un coup de patte avant de partir .

Les évènements de la journée précédente l'ayant empêché de se reposer Godzilla prend un peu de repos dans un coin de verdure . Pendant ce temps le Behemoth arrive au ranch de Hawk et Dugan interroge le propriétaire sur les événements récents . Pendant ce temps à l'intérieur du Behemoth , Rob est inquiet quand au sort de Red Ronin et Tamara et Woo essaient de le rassurer au mieux . L'interrogatoire terminé , un avion attéri sur le Behemoth et un paléontologiste spécialisé dans le comportement des reptile invité pat le Dr Takagushi en sort et se présente . Personne ne voulant tuer Godzilla , Dugan a alors une idée et envoie Gabe à New York au laboratoire d'Henry Pym (l'homme fourmi) pour chercher un mélange à base de l'hormone rétrécissante Du Dr Pym qui soit adaptée à Godzilla . Gabe revient avec le mélange et un plan d'intervention est mis au point : Rob va réveiller Godzilla et le mélange sera utiliser pour diminuer sa taille . Le gaz contenant l'hormone est administré à Godzilla qui s'énerve et attrape Dugan avant de rétrécir , d'être capturé dans un filet et ramené dans le Behemoth .

Godzilla rétréci est enfermé dans une cage à oiseau où il fait des siennes cramant la moustache de Dugan avec un mini rayon thermique .  Rob quant à lui s'en veut d'avoir trahi Godzilla et va lui rendre une petite visite pour voir si il va bien . Le Behemoth atterri à New York pour emmener Godzilla au muséum dans un endroit plus confortable mais une maladresse du Dr Hawkins libère Godzilla qui s'enfuit dans l'eau . Godzilla se cache dans un bidon dans le port le temps que l'équipe de Dugan s'en aille puis se dirige vers la ville . Effrayé par une voiture il saute dans une bouche d'égout et se retrouve face à un rat . Pendant ce temps dans le Behemoth Rob parvient à échapper à la vigilance du pilote , se procure une combinaison de plongée et par à la recherche de Godzilla dans le port . Dans l'égout Godzilla livre combat au rat qui est dans son élément et a donc un avantage , cependant le fait d'être attaqué le rend furieux et il brûle le rat vivant avec sa mini-flamme radioactive . Godzilla entend ensuite la voix de Rob et sort le retrouver devant la bouche d'égout . Rob aperçoit Godzilla qui  se remet un peu à grandir jusqu'à atteindre la même taille que Rob .

Rob se retrouve face à Godzilla qui fait maintenant sa taille et lui parle pour le rassurer et  pour qu'il lui fasse confiance . Godzilla suit Rob mais ils sont repérés par un ivrogne qui se met à hurler et va appeler les flics . Godzilla et Rob sont coincés dans une impasse et la police se rapproche , Godzilla utilise alors sa flamme pour détruire la palissade pouvoir s'échapper avec Rob . l'équipe de Dugan de son coté regagne le Behemoth bredouille , les recherches sont remises au jour suivant . Rob déguise Godzilla comme il peut avec des vêtements et les deux cherchent un endroit où se cacher la nuit . Ils sont attaqués par deux bandits mais Godzilla les brûle avec sa flamme et ceux-ci détalent comme des lapins . Godzilla et Rob rejoignent l'équipe de Dugan sur les dock mais Godzilla s'énerve et grandit à nouveau jusqu'à la taille d'un homme adulte . Godzilla se sent menacé et attaque Dugan et Gabe avec sa queue , Dugan sort un fusil et s'apprête à tirer mais Gabe l'en empêche ne sachant pas qu'il s'agit de simple tranquillisants . Dugan se sert d'un couvercle de poubelle pour bloquer la flamme de Godzilla , ramasse un harpon et lance un défi d'homme à lézard à Godzilla . Godzilla casse le harpon en deux et Dugan perd son bouclier de fortune . Le combat se poursuit à mains nues , Dugan  décoche un crochet du droit à Big G qui contra attaque avec des techniques d'Aïkido . Gabe essaie d'intervenir en sautant sur le dos de Godzilla mais il est balancé par dessus bord , Rob essaie d'intervenir pour calmer Godzilla mais Dugan et Gabe ne font rien pour arranger les choses et se prennent une raclée .  Godzilla en a assez de ses bêtises d'humains et s'enfuit en direction de la ville .

Godzilla échappé en ville cause la panique et agacé par les automobilistes il se met à grandir à nouveau jusqu'à environ 10 mètres de haut . Dugan , Gabe , le Dr Takigushi et  le Pr Hawkins se lancent à la poursuite de Godzilla qui s'amuse à détruire des voitures . Le plan est d'attirer Godzilla jusqu'au museum en utilisant des fusées de détresse qu'il suit par curiosité . Au Baxter building Ben Grimm des quatre fantastiques regarde le flash spécial consacré à Godzilla et appelle Red Richard qui décide que les quatre fantastiques doivent aller prêter main forte pour arrêter Godzilla . Godzilla est attiré sur le porche du muséum et l'instinct du nid le force à pénétrer à l'intérieur . Les quatre fantastiques arrivent et après une petite joute verbale avec Dugan ils acceptent de coopérer avec le SHIELD pour neutraliser Godzilla . Godzilla attaque Ben Grimm qui lui répond avec ses poings avant de se prendre un rayon radioactif dans le ventre ce qui force Jonnhy Storm à entrer en action. Au grand dam du Pr Hawkins le combat cause des destructions sur les fossiles exposés , Red Richard intervient alors et tente d'immobiliser Godzilla tandis que Sue utilise son champs de force sur Godzilla . Mais Godzilla est trop fort et parvient à se libérer de l'étreinte avant de s'esquiver dans une autre pièce . Ben Grimm le poursuit mais tombe dans un piège Godzilla c'était dissimulé de coté pour l'attaquer avec son rayon thermique et il se le prend de plein fouet . Furieux Ben revient à l'assaut et fait tomber Godzilla dans un bassin rempli de requins .

Godzilla et Devil Dinosaur se battent valeureusement contre leur assaillants mais ceux-ci sont en surnombre et la difficulté se fait sentir . Pendant ce temps dans le présent toute l'équipe de Dugan s'apprête à reprendre une vie normale maintenant que l'affaire Godzilla est réglée , excepté Rob qui craint toujours pour la vie de Godzilla .  Dans la vallée des flammes la bataille fait toujours rage mais devant le nombre d'assaillants Moon Boy demande à Godzilla et à Devil de fuir pour changer de tactique . Ben Grimm dans le présent se sent mal et décide d'en parler à Red Richard . Dans le passé Devil et Godzilla font face aux hommes lézards et à leur dinosaures tandis que Moon Boy monte dans la colline pour préparer son piège et dissimuler d'immenses trous par des végétaux . Dans le présent Red Richard découvre que la machine à remonter le temps brille d'une étrange lueur qu'il pense être due à des radiations et décide de la transporter dans un endroit avec plus d'espace dans le cas où elle exploserait ou renverrait Godzilla dans le présent . Au Crétacé Devil et Godzilla doivent se replier tant les adversaires arrivent nombreux , ils sautent par dessus les pièges tandis que la horde d'hommes-lézards tombe dans les trous et se retrouve happée dans l'espace temps. Une lueur émerge des précipices sacré et Godzilla retrouve sa taille initiale de monstre géant avant de s'évanouir dans les airs . Godzilla réapparait alors à Time Square où la machine à remonter le temps à été déposée .

GGodzilla revient de son voyage dans le temps guéri de son problème de taille et complètement furax . Il attaque le Behemoth et Red Richard demande à Dugan d'utiliser le Behemoth pour attirer Godzilla hors de la ville vers la mer  . Godzilla poursuit le Behemoth à travers la ville  mais est interrompu par un policier qui le distrait en lui tirant dessus . Red Richard demande au policier d'arrêter et lui donne des consignes à faire passer à ses collègues pour faciliter le passage de Godzilla , Dugan fait tirer des mini-rocket sur Godzilla pour avoir à nouveau son attention et le guider . Red Richard demande à Jonnhy Storm d'aller alerter les Vengeurs pour avoir des renfort tandis que Rob à l'intérieur du Behemoth éclate de joie en voyant Godzilla de retour sain et sauf . Jonnhy Storm parvient à ramener les Vengeurs sur le terrains mais alors qu'ils sont tous sur le pont du Behemoth , Godzilla attaque avec son rayon . Les Vengeurs attaquent alors Godzilla qui les attend de pied ferme. Godzilla leur lance son rayon radioactif ce qui les repousse en plein vol excepté Jonnhy Storm qui se rapproche de sa tête avant de s'éteindre d'un coup et de tomber . Thor intervient et attaque Godzilla avec Mjolnir son marteau magique mais le monstre réplique avec son souffle . L'homme fourmi et la Guèpe adoptent alors une tactique , ils pénètrent dans l'oreille de Godzilla et lui chatouillent le canal vestibulaire , centre de l'équilibre ce qui fait chuter Godzilla dans l'eau du port . Godzilla réémerge alors complètement furax ....

Godzilla réémerge et se dirige vers l'Empire State Building , tout les super-héros présents se concertent pour trouver un moyen de l'empêcher de détruire l'immeuble. Rob pique une crise et essai d'empêcher le SHIELD d'utiliser leurs armes contre Godzilla , ce qui lui vaut d'être enfermé . Godzilla poursuit sa route vers l'Empire State Building , les héros étant plus occupés à sauver les gens des dégâts collatéraux qu'à le poursuivre . Godzilla commence à pousser l'Empire State Building pour le faire s'écrouler mais Thor utilise toute sa force du coté opposé pour l'en empêcher . Tout les autres héros attaquent alors simultanément pour arreter Godzilla mais sans succès la force ne fonctionne pas contre lui . Rob s'échappe encore et va sur le pont du Behemoth pour parler à Godzilla . Il appelle Godzilla et lui dit que tout est de sa faute mais qu'il voulait l'aider pour qu'il ne se fasse pas tuer par les américains . Godzilla prend Rob délicatement dans sa main et le regarde avec un regard compréhensif , Rob lui explique qu'il doit quitter la ville et ne pas faire de dégâts . Godzilla se dirige vers la mer et redépose Rob sur le pont du Behemoth avant de s'enfoncer dans l'eau et de disparaître .