Gorgo et Ogra ayant récemment échappé aux attaques de l'armée se cachent au fond de l'océan où ils recherchent tout deux à vivre en paix. Pendant ce temps, le professeur Henry Stoddard qui a une théorie personnelle sur l'origine des deux monstres monte une expédition pour les retrouver.
Malgré un ordre contraire donné par les services secrets, l'équipe met les voiles à la nuit tombée suivie de près par des hélicoptères des services secrets. Gorgo qui est curieux fait surface et observe leur bateau amusé avant que sa mère ne vienne le chercher et le ramener dans une grotte sous-marine. Le lendemain Gorgo qui a à nouveau échappé à la vigilance de sa mère fait surface et se fait attaquer par des avions de l'armée il part alors se cacher dans Manhattan. Sa mère ne tarde pas à le rejoindre attaquée elle aussi par l'armée tandis qu'au fond de l'océan un monstre aussi ancien que Gorgo et Ogra s'échappe de la cavité où il était emprisonné et les rattrape. Sentant un danger pour son petit, Ogra attaque le monstre mollusque et après un rapide combat le met en pièces . Elle récupère Gorgo et l'emmène dans l'océan l'armée ayant décidé de les laisser s'échapper en remerciement pour avoir détruit l'autre créature.

Alex Berlitz un cinéaste est parvenu à filmer Gorgo dans son élément naturel et en a fait un film qui fait un tabac. Le professeur Carl Carlson a une idée en voyant le film : capturer Gorgo pour l'exposer au zoo du Bronx  . Il monte alors une équipe qui compte le capturer en utilisant un anesthésiant spécial. Pendant ce temps en Russie les Soviets jaloux mettent au point un plan pour s'emparer de Gorgo à moindres frais. Gorgo et sa mère quant à eux s'amusent et s'adonnent à la chasse aux calamars géants. L'équipe parvient à localiser Gorgo et les plongeurs sous-marins armés de leurs fusils anesthésiants parviennent à l'endormir. Gorgo est capturé dans un filet et ramené sur une plage où le Dr Barlow qui avait rejoint l'équipe un peu plus tôt s'avère être un infâme communiste. Il tente de tuer l'équipe et de s'emparer de Gorgo mais en est empêché par Henry Reston le vétérinaire et finalement Gorgo est ramené au zoo du Bronx .
Gorgo se débat et pousse un cri qui attire sa mère qui menace de ravager New York. Le professeur Carlson décide alors de renoncer à Gorgo et le rend à sa mère. Tous deux retournent à nouveau dans l'océan loin des humains.

Il y a de nombreuses années, le professeur Carl Engstrom avait découvert un monde peuplé de créatures préhistoriques en Afrique, mais l'expédition s'était soldée par la mort de sa femme et la disparition de sa fille. Aujourd'hui il enseigne à l'université et entendant parler d'une déesse blanche qu'il pense être sa fille par l'aventurier John Serviss et monte une expédition. Gorgo quant à lui mène sa vie quotidienne avec sa mère jusqu'au jour où à proximité du rivage africain il capte l'odeur d'un animal ancien comme lui et décide d'explorer le terrain. Le professeur Engstrom est capturé par des hommes sauvages et retrouve sa fille Gloria juste au moment où un tyrannosaure apparaît. Les hommes des cavernes croyant la bête en colère décident de sacrifier le professeur et sa fille. Pendant ce temps, Jay un étudiant du professeur suit les traces de Gorgo et arrive juste à temps sur les lieux du sacrifice pour tirer sur le tyrannosaure. Gorgo apparaît juste à temps et s'interpose en attaquant le tyrannosaure qui est bientôt rejoint par d'autres spécimens de son espèce. Jay en profite pour libérer Gloria et le professeur et c'est alors que Ogra apparaît pour donner un coup de main à son fils Gorgo . Le trio parvient à fuir le monde perdu et tandis qu'ils en échappent ils aperçoivent Ogra et Gorgo qui retournent vers la mer après avoir vaincu les tyrannosaures.

Gorgo et sa mère partent à la recherche d'un endroit où ils pourront vivre en paix, après avoir essayé le pôle Nord et le Sahara inhospitaliers ils jettent leur dévolu sur la mer des Caraïbes. Ils sont très vite repérés par les communistes qui transportent des missiles dans une de leur base ainsi que par les Américains qui surveillent la zone et qui craignent que les monstres ne déclenchent la troisième guerre mondiale. Alors que Gorgo s'amuse dans les profondeurs, il est attaqué par un calamar géant, le combat attire l'attention des soviets et Gorgo se retrouve dans une grotte abritant une base secrète communiste. Gorgo saccage tout, détruit tous leurs missiles et s'attaque à un sous-marin communiste avant de refaire surface et de se reposer auprès de sa mère.
Les infâmes communistes pensent qu'il s'agit d'une attaque capitaliste et s'en prennent à un bateau américain, mais son équipage se défend et le pilote russe ne doit la vie sauve qu'à Gorgo . Les Soviets décident alors d'utiliser des charges atomiques sur Gorgo mais sans effet autre que de l'énerver. Gorgo détruit une autre de leurs base et retourne avec sa mère.
Les communistes décident qu'ils ont suffisamment perdu d'argent comme ça et plient bagage.

Un peuple extraterrestre envoie des vaisseaux lourdement armés à la conquête de la Terre. Les vaisseaux réduisent en cendres Los Angeles , Moscou et Johannesburg et se retrouvent face à Gorgo qui les a repéré . Les vaisseaux attaquent Gorgo mais toutes leurs armes sont sans effet et le jeune monstre endommage leur carlingue les obligeant à fuir. Le chef des aliens intéressé par Gorgo décide de s'en occuper lui-même et l'attaque au corps à corps avec ses tentacules aidé de ses subalternes.  Les aliens utilisent des câbles pour ligoter Gorgo et l'endorment avec un gaz anesthésiant. Fiers de leur victoire ils se moquent de Gorgo qui se débat et pousse des cris pour appeler Ogra sa mère ...Elle arrive sur les lieux détruisant plusieurs vaisseaux aliens , libère son fils et colle une raclée au chef des aliens . Une fois les aliens KO elle les enferme dans un de leur vaisseau et ceux-ci s'en vont en pleurant sur leur défaite.

Le Dr Zhunli fut toujours rejeté par les autres durant sa jeunesse et il avait juré de se venger. Non seulement, il étudia la science, mais aussi les arts occultes et le vaudou ce qui lui permis de mettre au point un sérum de gigantisme. Son but est à présent de devenir lui-même un géant et de régner sur le monde, mais c'est sans compter sur la traîtrise de ses assistants et sur l'intervention de Gorgo . Une abeille géante transformée par le professeur s'échappe et pique Ogra qui part en mer apaiser la douleur tandis que Gorgo amusé s'en va promener dans la jungle et il tombe sur le Dr Zhunli qui recherche un animal de grande taille pour ses expériences.Gorgo est anesthésié et le docteur lui administre de l'eau pensant que c'est du sérum ses assistants ayant intervertis les flacons. Voulant se désaltérer après son forfait zhunli absorbe du sérum interverti avec l'eau et devient géant. Pendant que Zhunli a à faire avec la police et l'armée, ses assistants réveillent Gorgo dans l'espoir qu'il appellera sa mère et qu'elle s'occupera du savant fou. Zhunli parvient à assommer Gorgo avec un rocher, mais il est terrifié par l'arrivée de ogra et s'assomme en tombant contre une montagne. Le savant reprend sa taille normale et est envoyé en prison tandis que les deux reptiles géants émigrent au Pôle Nord espérant avoir enfin la paix.

Gorgo nage paisiblement au large de l'Afrique du Nord quand il est attaqué par un bateau militaire. Il se débarrasse facilement de l'appareil et décide d'aller faire un tour sur la terre ferme. Il traverse rapidement l'Europe et se retrouve en Russie où les infâmes soviets s'apprêtent à envoyer une fusée sur la Lune. L'arrivée de Gorgo est une aubaine pour eux qui ont des problèmes avec des aliens installés sur la Lune . Un de leur scientifique propose de cloner Gorgo et d'envoyer le clone sur la Lune pour effrayer les extraterrestres. Gorgo est anesthésié et cloné, mais la nuit sibérienne approchant le grand reptile s'abritent dans une des fusées. Et c'est ainsi que le lendemain Gorgo et son clone sont expédiés sur la Lune. Sur Terre une navette américaine est envoyée en renfort pour aider les Russes qui sont attaqués par les aliens . Les soviets envoient le clone de Gorgo s'attaquer aux aliens qui sortent l'artillerie lourde, Gorgo quant à lui n'obéit pas et détruit la navette des Russes. Il s'en prend ensuite aux extraterrestres qu'il fait fuir à temps pour que les Américains arrivent. Gorgo est anesthésié et raccompagné sur Terre, tandis que son clone inactif demeure sur la Lune en tant qu'épouvantail à extraterrestres.

Gorgo en chassant découvre l'antique cité d'Atlantis aujourd'hui occupée par d'infâmes communistes. Les soviets attaquent Gorgo avec leur arsenal et avec une charge nucléaire, mais celui-ci en sort vivant et s'échoue sur les côtes de la Caroline. Les Américains le surveillent de très jusqu'à ce que Gorgo fasse exploser le missile en la mâchouillant. Les Américains envoient des sous-marins explorer la zone suivis de près par Gorgo . Le sous-marin américain est menacé par les missiles nucléaires des Russes, mais Gorgo les confisque deux par deux et les dépose dans une caverne sous marine. Les communistes privés de leurs missiles nucléaires tentent une attaque par surprise avec des torpilles conventionnelles, mais Gorgo qui aime bien ce type d'engin les confisque aussi. Les deux commandants font alors une trêve et regagnent la surface, Gorgo quand à lui reprend ses errances dans les profondeurs.

Gorgo fait la sieste sur une île de l'atoll de Bikini quand il est bombardé par des avions. La chaleur dégagée par les charges nucléaires est telle qu'il se précipite dans l'eau pour se rafraîchir et part à la recherche de sa mère occupée à se battre contre un monstre marin. Pendant ce temps le général Thung se prépare à conquérir le monde grâce à son armée d'infâmes communistes chinois. Gorgo apparaît à la frontière chinoise et se retrouve bombardé et atomisé, mais sans dommages par les militaires communistes.Il se dirige ensuite vers une des usines d'armements de Thung toute neuve et la saccage. Il poursuit ensuite sa route et se retrouve à l'endroit où le Général Thung parade et expose ses plans de conquête du monde aux ambassadeurs invités. Les hommes de Thung voyant Gorgo croient voir un ancien dragon et pensent qu'il s'agit d'un mauvais présage. Thung se retrouve seul térrifié face à Gorgo et se met à pleurer de peur tandis que le monstre se moque de lui. Abandonné de tous Thung est humilié et doit renoncer à ses plans tandis que Gorgo s'en va au loin.